Он был открыт в 1920 году по решению губернского отдела народного образования и тогда назывался Домом санитарного просвещения. Учреждение должно было проводить лекции по профилактике инфекционных заболеваний и заниматься гигиеническим воспитанием населения. Такие меры власти приняли в связи резким обострением эпидемической обстановки в те годы.

Благодаря профилактическим мероприятиям в военное время в 1942 году удалось ликвидировать эпидемию сыпного тифа и кишечных инфекций. Ближе к 80 годам Вологодский Дом санитарного просвещения стал обучать медицинских работников пропаганде здорового образа жизни. И в 90 был переименован в Вологодский областной Центр медицинской профилактики. Сегодня, по данным Минздравсоцразвития РФ, он считается лучшим в стране.