Из-за экономических трудностей сотрудники всех его филиалов переведены на неполную рабочую неделю, произошло сокращение штата.

По словам директора музея-заповедника Людмилы Коротаевой, кризис ударил и по зарплатам работников: «Специалисты, которые здесь работают — это уникальные люди. В нашей области реставраторов по темперной живописи, по масляной живописи, по ткани — единицы. Говорят, что банковские служащие или чиновники должны получать достойную зарплату, потому что они хранят материальные ценности. А мои коллеги не только хранят материальные ценности, но и должны еще обладать глубокими знаниями своего предмета, то есть они должны быть хранителями, искусствоведами и так далее».

Также из-за финансовых трудностей пришлось отказаться от нескольких важных проектов: «В музее ждут своей очереди наши издания, которые тоже хотелось бы сделать — это каталог. Допустим, иконы Вологды, второй том — мы не можем выпустить, он готов, но для этого нужны деньги. А со дня издания первого тома прошло уже четыре года. Музей кружева на выходе, но ни альбом по музею, ни красивый проспект на разных языках, ни альбом о Вологде музей-заповедник просто не может себе позволить».

Однако, несмотря на трудности, музей готовится к празднованию 125-летия. В его рамках состоится ряд уникальных выставок. В частности, готовится экспозиция даров музею меценатами, выставка икон в парижском Лувре и открытие музея кружева.