Ежегодно в зоне риска подтопления оказываются две колонии. В Устюжне в 20-ой колонии река Молога может подтопить производственные цеха. Эта территория находится в старом русле реки. Также из-за разлива рек в Великом Устюге может подтопить жилую зону осужденных в колонии № 3.

В настоящее время вологодские колонии полностью готовы к паводку: завезен месячный запас продуктов, в готовность приведены полевые кухни, дизель-генераторы. Личный состав готов к усиленному варианту несения службы.

Все осужденные из колоний № 3 и № 20 находятся в учреждениях. В случае крайней необходимости, они будут эвакуированы и отправлены в ближайшие колонии и тюрьмы.

Самое крупное подтопление во время паводка было зафиксировано в 1998 году. Тогда затопило Великий Устюг. Вода добралась и до колонии № 3. Тогда осужденных пришлось перемещать на вторые этажи жилых зданий.