В августе 2009 года Якуничев был признан виновным в злоупотреблении должностными полномочиями и приговорен к четырем годам лишения свободы условно.

Немногим больше месяца назад Алексей Якуничев обратился в суд с просьбой снять судимость по истечении половины назначенного наказания и в связи с тем, что ущерб, нанесенный бывшим чиновником городской казне, был возмещен. Суд ходатайство Якуничева удовлетворил. Однако таким решением осталась недовольна прокуратура. Как стало известно газете «Премьер» решение о снятии судимости с Алексея Якуничева уже обжаловано в вышестоящей инстанции. Сейчас бывший глава Вологды работает преподавателем в одном из вологодских ВУЗов.