Выяснял для себя, но, может, кому-нибудь ещё пригодится.
По ситуации на ноябрь 2016 года:

1. Источник (Мира, 14) - книг, скажем так, порядочно. Но не более
2. Деловая книга (Козлёнская, 40) - вполне неплохой ассортимент (но до переезда было больше). Очень значительный отдел изданий для школы
3. Алфавит (филиал Деловой книги) (Преминина, 10) - выбор меньше, чем в основном магазине
4. Бибколлектор (Зосимовская, 3) - детская литература, классика, собрания сочинений ("Книговек"). Солидный отдел изданий для школы. Книги вологодских писателей представлены, кажется, шире, чем в других точках
5. Учебная литература (Гончарная, 2) - число изданий для школ вроде бы наравне с "Деловой книгой" и "Бибколлектором". По книгам другой направленности - небогато
6. Буквоед (Советский проспект, 12) - самый мощный в городе ассортимент (это касается всех точек "Буквоеда", различия между ними только в расположении, наверное). Есть возможность заказать книгу из другого города через интернет-сайт
7. Буквоед (Мира, 78 - ТЦ "Оазис")
8. Буквоед (Ленинградская, 100 - ТЦ "Форум")
9. Буквоед (Пошехонское шоссе, 22 - ТЦ "Мармелад")
10. Буквоед (Горького, 122 - ТЦ "Макси")
11. Библиомаркет (Предтеченская, 31) - ассортимент неплохой, но меньше, чем в "Буквоеде". В наличии букинистический отдел
12. Вологодское общество книголюбов (Предтеченская, 31, оф. 205) - уклон, в основном, в русскую прозу. Собраний сочинений Василия Белова - не меньше двух. Понемногу всякого, в том числе зарубежки
13. Книги (Конева, 14а - закуток в ТЦ "Макси") - выбор невелик, но есть услуга "Книжный сыщик" (обещают найти любую книгу, когда-либо изданную в России)
14. Книги (Магазин учебной литературы) (Галкинская, 107) - на ладан дышит, ничего нет, только немного книг для школы
15. Безымянные книжные ларьки (пл. Бабушкина, 10 - автовокзал) - ширпотреб, дешёвые книжки в дорогу
16. Стегозавр (Южакова, 3 - ТЦ «Волшебный Ларец») - по книгам - ассортимент из массового сектора, в т.ч. немало книг "летнего формата" (покетбуки в мягких обложках)
17. Стегозавр (Добролюбова, 26 - ТЦ «Манчестер») - по книгам - ассортимент случайный, из массового сектора
18. Медиа-Сервис (Мира, 42) - книг совсем немного
19. Бутик-отель "Библиотека" (Чернышевского, 24) - очень небольшой и очень окказиональный подбор литературы с уклоном в некоторую элитарность и оппозиционность. Стопки старых книг (например, жёлтая серия фэнтези "Северо-Запада") - хотя они, возможно, только для антуража, так как перевязаны бечёвкой
20. Книжки (Благовещенская, 30 - ларёк в детской поликлинике) - только детские ходовые книжечки
21. Книжный центр (Мира, 16 - отдел в магазине "Лайма") - всяко-разно, выбор небогат
22. Дельта (http://knigatorg.ucoz.ru/) - крупный и мелкий опт, ассортимент вроде и широкий, но непримечательный. Смысл существования этой организации непонятен, ведь есть же интернет-магазины

Букинисты:
1) Слово (Козлёнская, 91) - большой выбор, но в основном - многотомные советские собрания сочинений
2) без названия (?) (короче, филиал "Слова") (пл. Бабушкина, 4 - напротив вокзала) - ассортимент маленький
3) отдел в Библиомаркете (Предтеченская, 31) - есть к чему присмотреться. Разнообразие зашкаливает. В общем, выставляют всё подряд без разбора
4) Книги (Новгородская, 22, к.4 - наискосок от ТЦ "Мармелад") - неплохой выбор старых советских изданий. Есть возможность заказа, но сложно сказать, насколько хорошо она действует

Резюме:
Запросы не сильно искушённого читателя, конечно, вологодские книжные магазины удовлетворяют. А что-либо специфическое удастся найти только при большой удаче. Все нужды в учебниках-тетрадях-хрестоматиях конкретно для вологодских школ - покрываются с лихвой. Имеются книжные со своим "характером" (особенно бутик-отель "Библиотека" и Общество книголюбов). Шире всего ассортимент в магазинах "Буквоеда", но и цены там намного выше, чем у конкурентов.

В сравнении с интернет-магазинами (Лабиринт, Озон, Майшоп и т.д.) вологодские книжные однозначно выигрывают только в школьном секторе. Ну, или когда книга нужна прям срочно прям щас.